Doğu Trakya tarihi ve tarihöncesi dönemler açısından yakın zaman öncesine kadar hemen hemen hiç araştırılmamış bir bölgedir. Bunun başlıca nedenlerinden biri buranın, coğrafi ve kültürel açıdan birbirinden farklı özellikler gösteren iki bölge arasında yer alması ve özellikle Andadolu üzerine çalışan araştırmacıların ilgi alanına girmemesidir. Erken Cumhuriyet Dönemi’nde, bölgede Atatürk’ün isteğiyle bazı çalışmalar gerçekleşmişse de, özellikle sonrasında bireysel girişimler dışında araştırılmadan kalmıştır.
1980’li yıllarda Balkanlar’da tarihöncesi dönem araştırmaların yoğunlaşmaya başladığı bir dönemde, Doğu Trakya da dahil olmak üzere Anadolu’nun batısındaki çalışmaların yok denecek kadar az olması bir sorun olarak ortaya çıkmış; bu bilgi boşluğu bölgeler arası ilişkiler üzerine yapılan pek çok tartışma ya da kuramın da somut kanıtlardan uzak bir şekilde tartışılmasına neden olmuştur. Bu süreçte 1980 yılında İstanbul Üniversitesi Prehistorya Anabilim Dalı tarafından yapılan yüzey araştırmaları bölgenin tarihöncesine ilişkin ilk somut bilgilerin toplanmasını sağlamış ve alanın büyük bir bölümü, uzun erimli bu proje kapsamında taranmıştır. İlk olarak Doğu Trakya’da başlayan araştırmalar daha sonra Marmara Denizi’nin güney kesimini de içerecek biçimde genişletilmiş ve 300 kadar tarihöncesi buluntu yeri saptanmıştır.
Proje kapsamında Trakya’da Edirne, Kırklareli, Tekirdağ, Gelibolu; Doğu Marmara’da İznik ve Yenişehir; Güney Marmara’da ise ağırlıklı olarak Balıkesir, Bandırma, Gönen, Biga, Çan ve İvrindi çevrelerinde yoğun yüzey taraması yapılmıştır. Araştırmalar sırasında tahribata maruz kaldığı görülen buluntu yerlerinde; Tilkiburnu (1981), Taşlıcabayır (1982), Yarımburgaz Mağarası (1986) ve Toptepe (1989) yerleşimlerine kurtarma kazıları gerçekleştirilmiştir. Yüzey araştımları ve kurtarma kazılarının ardından bölgenin tarihöncesine ilişkin daha detaylı sonuçlara ulaşabilmek için önce Edirne ili Enez ilçesi yakınlarında bulunan Hoca Çeşme höyüğünde (1990-1993) kazı çalışmaları gerçekleştirilmiş, ardından araştırmaların ağırlığı Aşağı Pınar (1993- ) ve Kanlıgeçit (1994-2009) yerleşimlerine verilmiştir.