Aşağı Pınar’ın 300 m kadar batısında yer alan Kanlıgeçit, mimari dokusu ve buluntularıyla Balkanlar’da başka örneği bilinmeyen bir İlk Tunç Çağı yerleşimidir. Aşağı Pınar’daki yerleşimin sonlanmasının ardından, Kırklareli çevresinde sürekli bir iskanın olmadığı, olasılıkla göçebe toplulukların kısa süreler için konakladığı bir dönemin ardından, MÖ 4. bin yılın sonlarına tarihlenen Kanlıgeçit ile bölgeye yeniden yerleşildiği anlaşılmaktadır. Ahşap mimarisiyle tipik bir Balkan köyü olarak başlayan ve MÖ 3. binyılın ortalarına kadar Bulgaristan Ezero kültürüyle benzerlik gösteren yerleşim, İlk Tunç Çağı II döneminin sonlarında, Anadolu kent modeline göre yeniden biçimlendirilmiş ve MÖ 2050 yıllarında şiddetli bir yangınla sonlanmıştır.
1994-2009 yılları arasında gerçekleşen arkeolojik kazılarda yerleşimin “akropol” ya da “iç kale” olarak tanımlanan merkezinin hemen hemen tümü açığa çıkarılmıştır Arkeolojik araştırma ve yayın çalışmalarının tamamlanmasının ardından yerleşim, bir koruma ve sergileme projesi kapsamında düzenlenmiştir.
Kanlıgeçit’teki ilk yerelşimi temsil eden 4-3. evreler MÖ 3000’li yılların başına tarihlenmekte ve daha çok Balkan özellikleri göstermektedir. Ezero kültürünü yansıtan bu dönemde, Balkan İlk Tunç Çağı için belirleyici özelliklerden biri olan, uzun dörtgen planlı dal örgü yapılardan oluşan küçük bir yerleşim ve yine bu topluluklara özgü siyah yapım kaba çanak çömlek bulunmaktadır.
İlk evreden daha geniş ve tanımlı bir şekilde açılan 2. evre (MÖ 2600-2100), surla çevrili bir “iç kale” ile seyrek yapıların bulunduğu bir aşağı şehirden oluşmaktadır. Kazılar sırasında çalışmaların ağırlığı iç kaleye verilmiş, olasılıkla seyrek bir dokunun bulunduğu, sonrasında ise yoğun tarımsal uğraşılar ve toprak çekme gibi nedenlerle tahrip edilmiş olan aşağı şehirde çalışılmamış, ancak alanda sistematik yüzey taraması, jeofizik ölçümleri ve sondaj çalışmaları yapılmıştır. İç kale İTÇ II döneminin sonlarında Anadolu kent modeline uygun, ancak onların daha küçük ölçekli bir kopyası olarak yeniden düzenlenmiştir. Kanlıgeçit’te İlk Tunç Çağı başlarına tarihlenen ilk yerleşim ahşap yapıların varlığı nedeniyle kalın bir yükselti oluşturacak şekilde höyükleşmemiştir. İlk Tunç Çağı II’nin sonlarında yerleşim Anadolu modeline göre yeniden düzenlenirken, önceki dönem tabakaların üzerine toprak serilerek dolgu yükseltilmiş ve yamacı sura bir altlık hazırlamak da amacıyla “glasi” olarak adlandırılan taş kaplamayla güçlendirilmiştir. Böylelikle Kanlıgeçit’teki yeni yerleşim, silik topografyadan ayrılarak bir höyük görünümüne kavuşmuştur.
İlk Tunç Çağ II döneminin ortalarında surun yerinin en az iki kere değiştirilerek yenilendiği anlaşılmaktadır. Surun iç kısmında Anadolu kentlerinde olduğu gibi birbirine koşut olarak yerleştirilmiş güneyden kuzeye doğru boyutları küçülen dört megaron bulunmaktadır. Bunlardan en güneyde olan büyük megaronun batı ucu demiryolu tarafından tahrip edilmiş olmasına karşın mevcut durumu yapının 27×12 m boyutlarında olduğunu işaret etmektedir. Megaronların her iki uçlarında anteleri ve merkezinde yuvarlak biçimli ocakları bulunmaktadır. Boyutları, plan özellikleri ve yapı ögeleriyle gerçek birer megaron olan yapıların düz damlı olduğu düşünülmektedir. Yapıların sıralandığı alanın doğusunda içinde ocak, fırın ve adak çukurlarının bulunduğu geniş bir açık alan, kuzeybatısında ise büyük bir kısmı demiryolu tarafından tahrip edilmiş çok odalı büyük bir yapı bulunmaktadır. Plan ve yapı özellikleri bakımından bu dönem yerleşimi, Troya II ile yakından benzeşmektedir.
Batı kısmı demiryolu tarafından kesilerek tahrip edilen iç kaledeki en büyük tahribat mevcut surun ait olduğu 1. evrede gerçekleşmiştir. Burası 1970’li yıllarda alandan taş çekilip düzeltilmesi suretiyle tahrip edilmiştir. Yaklaşık 60 m çapında bir yerleşimi çevreleyen surun kuzeydoğusundaki büyük dörtgen bir kuleye ait kalıntılar, yerleşimin boyutlarına göre anıtsal bir girişi olduğunu işaret etmektedir.
İlk Tunç Çağı’nda Anadolu’da kent devletleri gelişirken, Balkanlar’da daha çok kırsal bir yaşam biçimini sürdüren topluluklar bulunmaktadır. Farklı yaşam biçimlerini yansıtan bu iki bölge arasında yer alan Kanlıgeçit yerleşimindeki süreç, bölgeler arası etkileşimi de yansıtacak özellikler göstermektedir. Balkan yerleşimi olarak kurulan Kanlıgeçit’in Anadolu kent modeline dönüşümü büyük bir olasılıkla Kırklareli’nin kuzeyinde Istranca Dağları’nda bulunan zengin bakır ve altın madenlerinin varlığıyla ilgili olmalıdır. Yerleşmedeki dönüşüm yalnızca mimari ile değil, İç Anadolu özellikli çanak çömlek, figürinler ve daha da önemlisi çok sayıdaki evcil at kemiğiyle belgelenmiştir. Bununla birlikte yerleşimde İlk Tunç Çağı’nın sonuna kadar el yapımı yerel çanak çömleğin buluntu topluluğunun büyük bir bölümünü oluşturması dikkate değerdir. Dolayısıyla yerel bir yöneticinin Anadolu modelini mi aldığı yoksa bu dönüşümün Anadolu’dan gelenlerin etkisiyle mi gerçekleştiği kesin olarak açıklanamaktadır. Kanlıgeçit’e ithal olarak gelen Anadolu buluntuları arasında Trakya’nın bilinen en eski çark yapımı tabakları, İç Anadolu özellikleri gösteren parlak kırmızı astarlı kaplar bulunmaktadır. Bulunan çok sayıda at kemiği yerleşimin MÖ 3. binyılın ortalarına tarihlenen bir kervan yolunun üzerinde olduğunu düşündürmektedir.
Kırklareli Projesi Aşağı Pınar ve Kanlıgeçit yerleşimlerinde gerçekleşen araştırmaların sonuçlarını içeren bir arkeoloji projesidir. Proje, 1980’li yıllarda başlayan yüzey araştırmaları ve kurtarma kazılarının devamı niteliğindedir. Araştırmalarımız sonucunda elde edilen bilginin toplumla paylaşılması ve arkeolojik alanların korunarak gelecek kuşaklara aktarılması için çalışmalarımız kapsamında bir de Kültürel Miras Yönetimi projesi gerçekleşmektedir. Araştırmalarımız arkeoloji ve koruma konularının yanı sıra mimarlık tarihi, etnoğrafya ve doğal çevre çalışmalarını da içermektedir.